国税庁の以下のサイトに記載された年2回にまとめて納付はいつ支払う給与を対象にしているかを確認したいと思います。
免責事項)スタディーまたはヒヤリングしてまとめた内容ですので内容に意味合いが異なったり、誤りが存在したりします。以下の内容について一切その責任を負いませんのであらかじめご了承ください。なお、参考程度でご参照ください。
会計の流れ
勤務した月の末日締めでは会計上、費用勘定「給料手当」が増、翌月末支払う予定のを負債「未払金」も増します。
翌月末になると給与の支払いとして会社の通帳から従業員の通帳へお金を振り込むので会社側の資産勘定「預金」が減、負債勘定「未払金」も減ります。
従業員が支払うべき源泉徴収をした所得税及び復興特別所得税は会社が一時的に預かっている間、負債勘定「預り金」として記帳します。(預り金は負債の部の「流動負債」に区分します。)、原則として徴収した日の翌月10日が納期限となっています。

納期限”徴収した日の翌月10日“の徴収した日は給与を計算するときの基準となる締め日と支払い日のどっちを指しているのでしょうか?

給与の権利が発生した日ではなく給与を支払った日の月でまとめて納付します。
源泉所得税の納期の特例の承認
国税庁のサイトに記載された年2回にまとめて納付の納期限は以下となっています。
1月から6月までに支払った所得から源泉徴収をした所得税及び復興特別所得税の納期限
・・・7月10日
7月から12月までに支払った所得から源泉徴収をした所得税及び復興特別所得税の納期限
・・・翌年1月20日
納期限・・・7月10日

1)1月末締め~6月末締めで源泉徴収をした所得税及び復興特別所得税「預り金」累積の納期限は7月10日で問題ないでしょうか?
2)1月末締め~6月末締めにて6月末締めの給与は翌月の7月末に支払われるため納期限7月10日には含めず、12月~5月末締めで累積して源泉徴収をした所得税及び復興特別所得税「預り金」を納期限7月10日に納付するのではないかと思ったりします。

2)のほうが正しいです。
7月10日納付の対象
12月1日~12月末までの勤務:12月末締め(翌月1月末日払い)
1月1日~1月末までの勤務:1月末締め(翌月2月末日払い)
2月1日~2月末までの勤務:2月末締め(翌月3月末日払い)
3月1日~3月末までの勤務:3月末締め(翌月4月末日払い)
4月1日~4月末までの勤務:4月末締め(翌月5月末日払い)
5月1日~5月末までの勤務:5月末締め(翌月6月末日払い)
納期限・・・翌年1月20日

1)7月末締め~12月末締めで源泉徴収をした所得税及び復興特別所得税「預り金」の累積の納期限は翌年1月20日で問題ないでしょうか?
2))7月末締め~12月末締めにて12月末締めの給与は翌年の1月末に支払われるため納期限1月20日には含めず、6月末締め~11月末締めで累積して源泉徴収をした所得税及び復興特別所得税「預り金」を納期限翌年1月20日に納付するのではないかと思ったりします。

2)のほうが正しいです。
翌年1月20日納付の対象
6月1日~6月末までの勤務:6月末締め(翌月7月末日払い)
7月1日~7月末までの勤務:7月末締め(翌月8月末日払い)
8月1日~8月末までの勤務:8月末締め(翌月9月末日払い)
9月1日~9月末までの勤務:9月末締め(翌月10月末日払い)
10月1日~10月末までの勤務:10月末締め(翌月11月末日払い)
11月1日~11月末までの勤務:11月末締め(翌月12月末日払い)
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